暉明堂的建立乃源自「基督教九龍五旬節會」於1999年獲教育署批核興辦,將「五旬節靳茂生小學」由上、下午校,分拆成兩間全日制小學,校址為粉嶺同區的暉明路.定名為「五旬節于良發小學」,同期於該校成立福音基址,粉嶺堂差派三十多位肢體到該址植堂,取名為「基督教九龍五旬節會暉明堂」。暉明堂成立後,以「五旬節于良發小學」為福音伙伴,在學校中傳揚福音,建立不同牧區栽培福音種子及肢體成長。
在2002至2006年期間,暉明堂經歷牧者轉變及離任帶來的動盪,又適逢香港最艱難的沙士時期,是教會屬靈的低潮歲月。後來得到總堂楊國超牧師願意短暫地擔任署理堂主任之職,每週定時來到暉明堂指導有限度的工作。那時神感動楊牧師與本堂會友李燕珊姊妹分享教會的需要,經禱告及等候神的印證後,她於2006年入職擔任助理傳道,翌年神學畢業後晉升為傳道,並於2012年晉升為堂主任;入職後重建教會各部事工,又建立婦女組協助堂校家長福音工作,更致力發展學生福音工作,重新建立教會青少年牧區;後來總堂調派鄭德誠傳道前來協助暉明堂發展,至2011年離任轉往院牧工作;又於2013年聘得黃佩華傳道擔任牧職工作,負責兒童及婦女事工。
暉明堂於2013年開始探索自立,包括自治、自養、自傳等。蒙神的眷佑,於2016年按立了過去十年在本會牧養的傳道同工李燕珊為牧師,讓暉明堂的聖禮得以由所屬的牧者擔任,同年又經過多次與會友分享自立所需,最終達成各方面的條件而向總堂提出自立。並於2017年在總堂召開特別會友大會通過暉明堂自立,共有80位肢體轉入自立後的暉明堂成為首屆會友;其後,交律師跟進,於2017年註冊成功,並於2019年1月完成向稅局申請慈善團體認可,新暉明堂正式成立。而本會首屆浸禮則在同年復活節主日舉行,浸禮共有6位新葡及一位轉會肢體,其中5位新葡是于小的畢業生,當日更邀請校長、老師及同屆校友同來見證暉明堂美好的時刻。「新暉明堂」感恩崇拜更訂於5月舉行,當日邀請總會及各分堂友好見證神美好的恩典。盼望主繼續拖帶暉明堂,讓我們有份參與神在世上的計劃。